Die Klägerin (Spirig Pharma AG) hatte im März 2008 gegen die Beklagte (Merck & Co. Inc.) vor dem Handelsgericht des Kantons Zürich eine Nichtigkeitsklage gegen den schweizerischen Anteil des europäischen Patents EP 1 175 904 eingereicht. Das Verfahren wurde sistiert bis zum rechtskräftigen Abschluss eines parallelen Nichtigkeitsverfahrens über das Streitpatent. Im Januar 2012 wurde das Verfahren an das Bundespatentgericht überwiesen.
Das Streitpatent war in der Zwischenzeit widerrufen und die Beschwerde der Beklagten hiergegen von der Beschwerdekammer des Europäischen Patentamts abgewiesen worden; die Beklagte hatte die Grosse Beschwerdekammer angerufen. Das parallele Nichtigkeitsverfahren war vom Handelsgericht des Kantons Zürich im Dezember 2011 als gegenstandslos abgeschrieben worden.
Das Bundespatentgericht trat auf die Klage ein, nachdem es die Frist zur Leistung des Kostenvorschusses durch die Klägerin wiederhergestellt hatte (das Gericht ging irrtümlich von einer Nichtleistung aus). Zwischenzeitlich hatte die Grosse Beschwerdekammer die Vorlage der Beklagten nicht angenommen. Das Bundespatentgericht schrieb den Prozess entsprechend ab (Art. 242 ZPO). Es erlegte der Beklagten die Gerichtskosten und eine Prozessentschädigung zugunsten der Klägerin auf (Art. 107 I lit. e ZPO), zumal die Klägerin angesichts der Beschwerde gegen den Widerruf des Patents durch die Beklagte berechtigterweise davon ausgegangen war, eine Verletzungsklage würde gegen sie erhoben werden. Keine Berücksichtigung fand die finanzielle Unterstützung des parallelen Nichtigkeitsverfahrens durch die Klägerin. Eine solche sei von den Klägerinnen im parallelen Nichtigkeitsverfahren, denen ihrerseits Kosten gutgesprochen worden waren, erhältlich zu machen.
(Entscheid in der Rechtssache O2012_025 vom 16.07.2012)