In den EU Mitgliedstaaten, welche das EPGÜ ratifiziert haben, hat das einheitliche Patentgericht primär ausschliessliche Zuständigkeit für zivilrechtliche Verfahren in Zusammenhang mit herkömmlichen europäischen Patenten, neuen Einheitspatenten, ergänzenden Schutzzertifikaten (SPCs) sowie europäischen Patentanmeldungen. Während einer Übergangsfrist von mindestens sieben Jahren können Klagen wegen Verletzung bzw. auf Nichtigerklärung zusätzlich weiterhin vor nationalen Gerichten erhoben werden.
Inhaber oder Anmelder eines herkömmlichen europäischen Patents, das vor Ablauf dieser Übergangsfrist erteilt oder beantragt worden ist, haben die Möglichkeit, die Zuständigkeit des einheitlichen Patentgerichts in Bezug auf dieses Patent bzw. die entsprechende Anmeldung für die gesamte Laufzeit auszuschliessen (sog. «Opt-Out»). Damit behalten die nationalen Gerichte der am EPGÜ teilnehmenden EU Mitgliedstaaten weiterhin ihre ausschliessliche Zuständigkeit. Bedingung für einen Opt-Out ist, dass zuvor keine Klage zum entsprechenden Schutzrecht vor dem einheitlichen Patentgericht erhoben worden ist. Vom Opt-Out kann jederzeit zurückgetreten werden (sog. «Opt-In»), sofern zuvor keine Klage vor einem der besagten nationalen Gerichte erhoben worden ist.
Ein Antrag auf Opt-Out muss direkt beim einheitlichen Patentgericht gestellt werden und wird durch Eintragung in ein eigens dafür geschaffenes Register wirksam.
Die Entscheidung, ob bestehende oder zukünftige herkömmliche europäische Patente, bzw. Anmeldungen dazu, in die Zuständigkeit des einheitlichen Patentgerichts fallen, oder besser im alten System verbleiben sollen, wird in der Regel von den individuellen Bedürfnissen der Inhaberin bzw. Anmelderin abhängig sein. Aufgrund der Tatsache, dass mit dem einheitlichen Patentgericht allerdings noch keine praktischen Erfahrungen bestehen (Juni 2023), wird gerade im Hinblick auf die Vorhersehbarkeit von Verfahrensausgang und Kosten in vielen Fällen ein Opt-Out zu prüfen sein.